>・タイルIDとは何か？タイルセットのIDではないですよね？
マップの一枚目を確認すればわかると思う。
各タイルには、内部的にIDが割り振られている。
http://jbbs.livedoor.jp/bbs/read.cgi/game/14836/1092469687/263

>・フィールドのエンカウント情報全般。カスタム方法が分からない。
Extension_MapXxxのfield_encounterが返すlistを変更すればいい。
listのindexが上記のエリアの番号、
その中の配列の中身がトループIDだと思われ。

>・ゲームを起動してrxdataファイルに出力する方法。
説明に書かれているとおり、
ExDataフォルダ内プロジェクトをゲームとして起動したらわかるべさ。 

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RPG::Cache#tileメソッドで転送するRectのx,yを以下のように決めてるんで、計算してくれ。
x = (tile_id - 384) % 8 * 32
y = (tile_id - 384) / 8 * 32
タイルセット画像の左上のタイル（x=0,y=0）が、384。
385がx=32,y=0だから384の右隣。392がx=0,y=32だから384の下。

オートタイルはわからん。 
